BioPython

Formation BioPython

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  • Public : Toutes porsonnes amenées à utliser le langage Python et le module BioPython.
  • Objectifs : Maîtriser les concepts du langage Python et du module BioPython.
  • Prérequis : Bonnes connaissances en programmation.
  • Durée : 5 jours
  • Prix : Nous consulter
  • Lieux : Rennes et Nantes

Moyens pédagogiques

• Une station graphique professionnelle par participant, moniteur 24 pouces ;
• Pour un déroulement sur site, le matériel peut être mis à disposition ;
• Double compétence des formateurs : Concepteurs projeteurs/infographistes praticiens et Formateurs experts formés en pédagogie ;
• Contenus : Méthodologie métier intégrée et structuration des contenus.
• Evaluation des acquis en cours de formation ;
• Un ouvrage de référence professionnel pour chaque participant, ainsi que des documents numériques (modes opératoires, modèles, mémentos, bibliothèques…) ;

Programme

  • Démarrer avec Python

La philosophie et les points forts du langage.
Premier script : comprendre le fonctionnement de l’interpréteur.
Les caractéristiques du langage : rôle de l’indentation, les variables, les
commentaires ...
Outils de développement
Bonnes pratiques

  • Utiliser les différents types de base

Les numériques
Les chaînes de caractères
Les numériques : entiers et flottants
Les conteneurs : listes, tuples et dictionnaires

  • Contrôler le flux des instructions

l’instruction if
Les boucles for
Les boucles while

  • Organiser son code

Les fonctions
Utiliser un module tiers
Créer ses modules

  • S’initier à la programmation objet

Programmer en utilisant des objets
Principe et intérêt de la programmation objet
Créer ses propres classes d’objets
Aller plus loin avec l’héritage et le polymorphisme

  • Gérer les erreurs par exception

Signaler une erreur (raise)
Traiter une erreur (try .. except .. finally)

  • Utiliser les principales librairies Python

Interaction avec le système : modules os et sys
Gestion de fichiers
Base de données SQL

  • S’initier aux notions avancée du langage

Les listes de compréhensions
Gestion des ensembles avec le type set
Le mot clé with
Les fonctions lambda
Les décorateurs
Les itérateurs et les générateurs

  • S’initier à la programmation objet

Encapsulation, héritage, polymorphisme
Nouveaux et anciens types de classes
Les méthodes de classes et statiques
L’héritage multiple
Les propriétés

  • Acquérir les bonnes pratiques

Quelques principes de programmation en Python : réutilisation, simplicité, gestion d’erreurs
La documentation du code.
Les tests unitaires. Calcul du taux de couverture des tests.
L’analyse statique du code avec pylint pour la détection d’erreurs
virtualenv pour virtualiser l’installation
Utiliser ant pour automatiser la génération du code
Mise au point du code et finalisation d’application
Outils de développement
Déboggage
Utilisation de module de logging
Profilage de code
Déployer une application Python (py2exe ...)

  • Démarrer avec le module biopython

Vue d’ensemble de biopython :SwissProt, Genbank, Blast…
Bio séquences : lecture, écriture avec Bio.FastaIO, Bio.SeqIO
Les classes Seq.Seq, SeqRecord, Bio.Align
Recherche dans une base de données NCBI
Exercices : analyse de fichiers de séquence au format FASTA
Exercices : analyse de données ENTREZ

  • Expressions régulières et parsing

Définitions et syntaxes
Module re et fonction search

  • Module biopython et autres modules

Dictionnaire Prosite
Exercices : recherche, lecture de profils
Bio.GenBank
Exercices : extraction des CDS d’un fichier genbank
Blast internet et Blast local
Clustalw, Muscle
Parsers
Exercices sur Blast, Clustalw, Parsers, muscle
Module matplotlib
Module rpy
Exercices numpy, matplotlib,rpy

Double compétence Double compétence
Méthodologie pédagogique Méthodologie pédagogique
Domaines d'expertise Domaines d’expertise
Auteurs d'ouvrages de référence Auteurs d’ouvrages de référence